Да, регистрироваться повторно необходимо. У вас будет 2 разных личных кабинета, так как шаги, связанные с выводом из оборота молочной и фармацевтической продукции, отличаются. Сокращенный способ регистрации предусмотрен п. 21 правил, утвержденных постановлением Правительства РФ №2099 только для участников оборота иных товаров, подлежащих обязательной маркировке, средствами идентификации. Например, обувь, шины и табачная продукция.