Как перекинуть все маркированные товары с одной организации на другую? Можно ли это сделать только через GTIN? Можно ли использовать для этого "Честный знак".Бизнес?

Нет, так не получится, к сожалению. Между организациями товары можно передать только по полному коду маркировки в УПД. Тут есть пара вариантов:

мы можем передать весь склад с ИП на ИП. У нас есть такая услуга. Остатки берем из кабинета в двух форматах: в поэкземплярном и объемно-сортовом. Т.е. всё, что не в минусе – все перекидываем и делаем это “под ключ”;

можно все товары отсканировать сканером в блокнот, сохранить коды в формате CSV и потом закинуть их в накладную через кабинет “Честного знака”;
мы можем помочь выгрузить закрытую часть ЭЦП, чтобы вы могли загрузить её в телефон.

Маркировка: общие вопросы